По разбираеми причини малко са историческите сведения за възникването и ранната история на Църногорския монастир "св. св. безсребърници и чудотворци Козма и Дамян Асийски". Направените археологически разкопки на първоначалното и на сегашното местоположение на обителта свидетелстват за монастирски постройки от XI-XII в. върху останки от античността. Монастирът е бил тогава в подножието на връх Тумба (1129 м.), в местността Китка. Проучванията установяват запазени основи на монашеско крило (правоъгълно) и на защитна кръгла кула. Някои изследователи предполагат, че кулата е изградена върху по-стара, вероятно римска крепост, разположена в близост до кръстопътя от Константинопол за Адриатика и от Егейско море към Дунав. Наличието на крепостно съоръжение не е необичайно за средновековните монашески обители, примери са и Рилският и Хилендарският монастир. Зографският монастир също е имал защитна кула – в нея през 1284 г. римокатолиците изгарят светите 26 преподобномъченици, които отказват да изменят на православната вяра. Недалеч от Църна гора, в полето, наречено Мрáката, се е подвизавал великият сред светиите Йоан Рилски чудотворец. Началото на монашеството в тази планина може би е свързано с огромното влияние, което светията е оказал приживе върху околното население, а не бива да се забравя и фактът, че близо два века неговите свети мощи са се намирали на по-малко от 60 км оттук – в богохранимия град Средец (днешна София). При управлението на благочестивите царе от Асеневата, Тертеровата и Шишмановата династии монастирът е бил облагодетелстван с много привилегии. Притежавал богато стопанство и множество големи и доходоносни имоти, щедро дарявани му от царе и боляри. Нагледен пример за отношението на българските владетели към вярата дори и в най-трудни за страната времена е Мрачката грамота на цар Йоан-Александър от 1348 г.
За разлика от много други обители, които са били разграбени, порутени и са опустели през първите десетилетия на османското владичество, Църногорският монастир не е пострадал при османското нахлуване и в новите исторически условия се е наложил не само като духовно и просветно огнище, но и като средоточие на обществения живот на българите от съседните околии Софийска, Радомирска и Брезнишка. Монастирът, както и останалите обители в Софийска епархия, се управлявал от български първенци - епитропи. Богослужението тук винаги е извършвано на български (църковнославянски) език. Смирените и никому неизвестни монаси преписвали жития и съчинения на стари български писатели от Преслав, Охрид и Търново и така осъществявали онази приемственост с някогашното минало, която се оказала решаваща за запазване на народностното самосъзнание на българите. Съществува мнение, че именно в този край в началото на XV в., непосредствено след османската инвазия, е преписвано "Чудото на св. Георги с българина" – агиографски разказ от времето на Симеоновите войни. Голяма е била вярата на нашите предци и заради тяхното благочестие и смирено понасяне на скърбите Бог им е давал сили не само да оцеляват сред несгодите на игото, но и да живеят в духовна радост, да се чувстват исконни собственици на своята земя, а османската власт да приемат като нещо, което ще премине. За хората от десетки околни селища Църногорският монастир е бил разсадник на жизнеутвърждаващата православна вяра. Наред с духовното обгрижване на православните християни, монасите още в XVI в. полагали усилия и за ограмотяването им в съществуващото към обителта килийно училище. Неотразимо влияние върху поклонниците оказвали богослужението на роден език, книжнината, помениците, родословите, житията, стенописите и ангелското църковно пение. Ежегодно край монастирските стени на храмовия празник е ставало и многолюдно пазарище. Значението на светата обител в Софийска епархия било тъй голямо, че тогава тук е идвал да служи самият митрополит. С влиянието на Църногорския и другите околни монастири се обяснява и твърдото българско самосъзнание на местното население, което решително отхвърлило опитите за сърбизация, провеждани в третата четвърт на XIX в.